Дмиртрий

Так происходит из-за области видимости переменной.

Первый файл на выходе должен выдать что-то типа:

$(function() {
  return function1(function() {
    return some(code);
  });
});

А вам нужно использовать такой код:

$ ->
    window.function1 = -> some code

На выходе получится такой код:

$(function() {
  return window.function1 = function() {
    return some(code);
  };
});