У жестких дисков низкий iops, поэтому если записывать/считывать во множество мест сразу, то скорость чтения и записи будет крайне мала.
Тут нужно смотреть какие программы и какие данные пишут.
А так - потестируйте линейные чтение/запись, посмотрите смарт, сделайте дефрагментацию