Андрей

Безопаснее чем логин-пароль/авторизация через третьих лиц. Логин+пароль = ключ длинной до сотни байт (обычно).
Файл хотя бы в килобайт будет значительно безопаснее.

Выручил Resharper. Вопрос можно считать решённым

Обычно EF добавляет в свои сущности контекст, и в итоге (теоретически) это будет работать медленнее и кушать больше памяти.
Да и как правило все поля сущности не нужны, но бывают нужны поля которых в сущностях нет.
Плюс, если вам понадобится добавить во View какое-то поле, то проще будет изменить модель а не сущность ef.

Короче говоря, ничто не мешает использовать сущности во view, но это не правильно, лучше создавать отдельные модели для вывода.

Я нашёл решение. Я просто добавил библиотеку Microsoft.Owin.Host.SystemWeb в проект, и всё заработало. Странно, что ни в одном солюшене и инструкции "как начать использовать identity" не было ни слова про эту библиотеку.

При установке галочки генератор представления добавит вам в view js-скрипты. Выглядеть это будет так:
@Scripts.Render("~/bundles/jquery")
@Scripts.Render("~/bundles/jqueryval")

Более никакой разницы нет.