1. Смотрите логи всех служб, которые есть на сервере, что было в это время, что они делали?
2. Если пики всегда в определенное время, надо искать причину, например в cron?
3. Может это хостер использует все потоки и ресурсы, чтобы делать какие-то свои задачи, например бэкапы? У Вас же виртуальный выделенный сервер, вы используете часть процессорных возможностей, а они могут при нужде использовать в том числе Ваши ресурсы.
В общем, порты можно менять в конфиге гитлаба /etc/gitlab/gitlab.rb
Сделал так:
# Change the external_url to the address your users will type in their browser
external_url 'gitlab.lol'
#nginx['listen_addresses'] = ["0.0.0.0", "[90]"]
nginx['port']=90
unicorn['port'] = 9292
Соответственно обращаться приходится gitlab.lol:90' из браузера, но это меня вполне устраивает
1. Можно создать пользователя, занести его в /etc/sudoers/
2. Создать sh скрипт, сделать владельцем файла этого юзера.
3. Задать SUID для скрипта, чтобы он запускался от имени владельца
4. Запускать sh скрипт через ajax+php (функция exec ), разумеется это как вариант