Мне кажется у Вас 1 вопрос и 2 требования: "бесплатные системы ведения документации" и "где я смогу удобно систематизировать свои мысли". Вопрос как Вам удобно систематизировать свои мысли? Просто быстро записав текст? Или может доски (Trello)?
Я рекомендую Sphinx (+doxygen) для доков и Trello для управления проектов!
Удачи!
