Режим ISO - это по сути режим записи образа, с возможностью замены файлов, проверки версий загрузчиков, обнаружением ошибок и тому подобного.
Режим DD - это режим прямого побитовой копирования информации, который скопирует даже существующие в образе (или где-либо еще) ошибки.