Дык в чем проблема то конкретно? просто создайте 3 файла m.js v.js c.js и пихайте туда код по смыслу.
Все $.on и addEventListener в контролер, все где нужно выводить данные в дом это вью, ну а если че-то сложное делаете с данными это модель. Сразу предупрежу что будет много функций которые вроде как нафига создавать если они юзаются 1 раз, но чисто для того чтобы были в отдельном файле.
А то что вы перечислили хедер футер сайдбар этож верстка просто ясен фиг она в 1 файле вся вместе.
