В папке js/plugins у тебя прописаны функции для инициализации слайдера, layer slider и смены стилей, но функции FancyBox которую ты инициализируешь там нет. Либо я ее просто не могу найти.
А слайдер перестаёт работать из-за ошибки. Если ты поместишь FancyBox.initFancybox() в самое начало то у тебя отвалятся все скрипты.
Попробуй подключить fancyBox как написано в доке:
fancyapps.com/fancybox
$(".fancybox").fancybox();
Где .fancybox - имя нужного класса