Добрый вечер!
Посмотрите конфиг nginx на предмет созданых виртуальных хостов и root директорий, там можно будет понять с какой директории отдается контент. Правда не исключаю возможности что у вас на сервере может быть связка nginx + apache, тогда нужно еще смотреть виртуалы apache.
/etc/nginx/nginx.conf — конфиг
виртуалы скорее всего в /etc/nginx/sites/
P.S.
хотя если стоит Plesk то через него все должно создаваться и производится перезапуск веб-сервисов.
