Владимир Смирнов

Я бы посоветовал для начала погонять все запросы без Hibernate, а напрямую в БД и посмотреть на результаты. Либо почитать доку/погуглить насчет того, как работает ваша СУБД с регистром символов. Например, Oracle обязует указывать в условии тот же регистр, что и в БД (иначе не найдёт), а MySQL позволяет об этом не задумываться. Надежнее всего перед сохранением данных в БД приводить регистры символов в некое предопределенное состояние (например все символы в верхний регистр), а впоследствии при наложении условия на выборку также приводить регистр искомой строки. Если в базе уже мусор (кто как ввел, так и сохранилось) то можно создать индексы в нужном регистре, т.е. в поле таблицы как попало, а в индексе по этому полю всё в UPPER. Либо сделать update table set field = UPPER(field). В общем сначала смотрите в СУБД, а уже потом в Hibernate...

В какой момент времени и при каких условиях «срабатывает» данная аннотация?

Для того, чтобы аннотация сработала, требуется наличие настроенного источника данных, развертываемого сервером JBoss до старта вашего приложения (что достигается указанием зависимостей в вашем развертываемом модуле), а также подключение вашей бизнес-логики в качестве модуля в EAR, для чего в application.xml указать

<module>
        <java>ваша-логика.jar</java>
</module>

И, да, обычно указывается аннотация @PersistenceContext либо @PersistenceUnit