Порой мы называли это тестированием и закладывали на это время.
Порой прямо говорили, что сложную вещь с первого раза не сделаешь, любое ПО выпускает постоянно обновления, ваше не исключение.
Но в любом случае, нужно объяснять какой будет результат и зачем. Просто так порефакторить если все работает и клиенту нравится не получится :)