Решил. Помогла вот эта статья:
winitpro.ru/index.php/2014/03/20/repair-bootloader...
Она не смогла загрузить виндоус, выдала ошибку 0х0000001, но позволила зайти в безопасный режим, где я изменил обратно все,что накосячил в msconfig. После этого ОС успешно запустилась