Сергей

Давайте попробуем разобраться.
Только один вопрос, о чем вообще речь?
Можете понятно изложить свои мысли?

Может лучше оба сайта раскидать по разным директориям?
Например:
/var/www/site1
и
/var/www/site2

Иначе второй сайт будет доступен по ссылке на первый. Типа так: site1/site2

А вообще почитайте на тему vhosts