Сам и выкрутился…
код очень криворук получился, поскольку не помню как работать с регулярными выражениями, но смысл в том чтобы понять как кодируется сообщение. Если кто подскажет какой должен быть второй параметр, буду благодарен.
$output = shell_exec("svn log --limit 25 /var/www/new/svn/");
$output = nl2br ($output);
$output = preg_replace("/\?\\\\(\d+)/e","aaabbbcccddd$1rrrtttyyyuuu",$output);
$output = str_replace ('aaabbbcccddd','&#',$output);
$output = str_replace ('rrrtttyyyuuu',';',$output);
$output = html_entity_decode($output,ENT_NOQUOTES,"cp1252");
echo $output;