Не пробовали брать конфиг который сделал сам 1C с небольшими изменениями распределения оперативной памяти?
Результат выполнения команды top, wa нормальный?
А так в bitrix не особо легкие запросы, когда писал там интернет магазин полностью отказался от инфоблоков.