Копируем проект из репозитория
$ git clone git@github.com:gearmobile/template.git new_project_name
Заходим
$ cd new_project_name
Удаляем папку .git
$ rm -rf .git
$ git init
Линкуем к новому репозиторию
$ git remote add origin ...
Все - это новый проект, со своим репозиторием.
Deploy - это процесс развертывания приложения (сайта) в продакшн.