В договоре прописываете:
1. Исполнитель осуществляет работы на основе абонентской платы (регламентные работы выполняемые вами каждый отчетный период).
2. В конце каждого отчетного периода исполнитель выставляет счет на оплату дополнительных работ в рамках текущего договора. Факт оплаты работ подтверждает то, что заказчик не имеет претензий к исполнителю по качеству, количеству выполненых работ.
3. В счете на оплату работы пишите просто по пунктам кратко что делали. Или просто дополнительные работы в рамках договора №/№.
Конкретные формулировки подскажет юрист.
P.S. Да, я не предпрениматель и не юрист :) Так что на свой страх и риск.