Для Windows подобный вирус давно существует, но осенью 2015 появился вирус-шифровальщик и для Linux. Делает он именно то, что вы описали и требует оплаты, после которой вам высылается ключ для расшифровки. И обычно просят оплачивать криптовалютой - биткойнами. Месяца два назад это был 1 биткойн, около 30 тысяч рублей получается. Мой друг не стал платить, обновил систему сервера и проверил файлы сайта, пока что все в порядке. В англоязычном интернете писали, что проникновение вируса не связано с файлами сайта, а имеет иной характер происхождения. Возможно, какой-то софт, поэтому можно посоветовать лишь более внимательно относится к его установке и настройки.
P.S. А то, что нет бэкапов, это не тру :)
