По идее БД типа berkeley db или leveldb должны иметь наименьший оверхед при записи данных т.к. все апдейты и инсерты там дописываются в конец последнего файла. У вас есть возможность вынести этот процесс в отдельную БД или перенести эту таблицу на движок BDB в рамках той же mysql?