Скорее всего дело в кодировке, FileReader использует кодировку по умолчанию, для указания кодировки можно пользоваться InputStreamReader. Также проблема может быть с терминалом, куда пишет программа.
Попробуйте перед импортом проекта удалить плагин idea из build.gradle и все *.iml/*.iws/.idea файлы.
На данный момент поддержка gradle в idea работает из коробки, без необходимости генерации idea файлов самим gradle.