Не всегда это безграмотность и т.д. Если сохранить в текстовом виде, этот файл можно будет открыть на любом устройстве когда угодно и прочесть. А если как-то зашифровать — не тут то было. Онлайновые менеджеры, предлагаемые сегодня — зло. Что-что, а ваши пароли — это не закладки, их не должен видеть никто кроме вас и систем, контролируемых вами.
Тут очень кстати Mozilla открыла исходники своего сервера синхронизации браузерных штук, в т.ч. паролей. Поставить его на свой сервер — и готово.