Если базы не связаны друг с другом, то я бы просто разбил на несколько независимых mysql процессов. Их можно и перезапускать по очереди независимо.
Единственная возможная проблема — софт, который соединяется с mysql должен об этом знать (разные файлы-сокеты, порты, IP).
