Иван Брагин

User::find($u[$i]['id']); -> Здесь $u уже элемент из $num, то есть ['user'=>1, 'numFlow'=>1]. Не надо $u[$i], а сразу $u['user']

PDO ничего не знает о том что postgresql умеет массивы.
Если нужно сохранить массив, и сохранить совместимость с несколькими БД - то используйте serialize/deserialize, или еще лучше json_encode/json_decode. Храните поле в текстовом виде.