atereffigies

В общем для меня решение оказалось таким:
Не ставте VScode из флэтпака, а ставьте из deb-пакета и будет вам счастье.
Всё видит из коробки, без всяких прав и танцев с бубном.
Ответ подсказал deepseek.

Всё оказалось достаточно просто, и как всегда -- разобрался сам.
Мне нужно было дать разрешение эмулятору Kega Fusion, для этого я проделал вот что:
Вывел все flatpack-пакеты командой "flatpak list":

~$ flatpak list
Имя               ID Приложения                 Версия  Ветка      Источник             Тип установки
Kega Fusion       com.carpeludum.KegaFusion     3.63x   stable     flathub              system
Freedesktop Plat… org.freedesktop.Platform      21.08.9 21.08      flathub              system
i386              …desktop.Platform.Compat.i386         21.08      flathub              system
Mesa              …edesktop.Platform.GL.default 21.3.3  21.08      flathub              system
default           …esktop.Platform.GL32.default         21.08      flathub              system
...

Затем вбил команду:

sudo flatpak override --filesystem=host:rw com.carpeludum.KegaFusion

где "--filesystem=host:rw" -- разрешение на чтение и запись ко всей файловой системе, "com.carpeludum.KegaFusion" -- ID приложения.
Инфа взята отсюда: https://www.altlinux.org/Flatpak
и отсюда: https://docs.flatpak.org/en/latest/sandbox-permiss...