Документ, в контексте Монги, это JSON объект, который, в свою очередь, является key-value набором. В первом приведенном вами примере key это name и cities, а value это строка с названием страны и массив городов. Во втором варианте key-ев нет, а это значит что не получится db.collection.find({ country: "Russia" }) и придется использвать полнотекстный поиск. Тут уж сами решайте.
И кстати: countries.