Нашел наконец ответ. Как и ожидалось все банально просто.
Качаем из
этого репозитория файл (но не .MSI как я всегда делал, а .ZIP), в архиве вы увидите заветный zabbix-agent2-plugin-mssql.exe и файл конфигурации mssql.conf. Все это закидываем в папку с zabbixagent2.
Теперь нужно указать забиксу на наш файлик, для этого открываем zabbix_agent2.conf, добавляем строчку в таком формате(пример из моего файла):
Plugins.MSSQL.System.Path=C:\Program Files\Zabbix Agent 2\zabbix-agent2-plugin-mssql.exe
Include=C:\Program Files\Zabbix Agent 2\mssql.conf
И все начинает работать)) Только проверьте там ли у вас забикс