Артем

Собственно сам и нашел ответ. Нужно немного расширить класс контроллера и можно использовать $app где пожелаешь:

use Silex\Application;

class UserController
{
    private $app;

    public function index ( Application $app )
    {
        $this -> app = $app;

        return $this -> app['twig']->render('user.twig', array(
            'user' => 1
        ));
    }
}