1. Чтобы формировался акт сверки необходимо вести учет взаиморасчетов - оплаты и отгрузки - иначе нечего будет сверять.
2. Для оформления актов скорее всего понадобиться справочник контрагентов и справочник оказываемых услуг и поставляемых товаров
3. Печатные формы первичных документов периодически меняются.
Поэтому, если готовы вести учет вручную - то наверное самое удобное - это облачное хранилище + таблицы Excel + шаблоны документов. Я бы рекомендовал OneDrive + Office 365
Если же хочется, чтобы был справочник товаров, справочник контрагентов и акт сверки формировался автоматически - то нужно уже простенькая но полноценная программа для управленческого учета. Я бы рекомендовал 1С: Управление небольшой фирмой 8 в официальном облаке от 1С
https://1cfresh.com/ 
