я ставил достаточно просто
curl -sL https://deb.nodesource.com/setup_5.x | sudo -E bash -
sudo apt-get install -y nodejs
затем ставил express-generator через npm i -g express-generator (-g это глобальная установка)
каталоги проектов создаются через express там где вам удобно.
по поводу npm install module_name --save это команда записывает устанавливаемый модуль в файл package.json в котором хранится описание проекта и его зависимости (штука полезная)
