Конкретно с этой проблемой не сталкивался, но когда в у себя в домене под 2003 r2 ставили на машины семерку — получили тоже большое количество необъяснимых проблем. Основной источник — разные версии AD. Часть со временем залатали патчами, часть руками, но стройной работы домена так и не получили. Если с доменом еще планируете работать — лучше всего поменять сервак на 2008 R2. Лучше ужасный конец, чем бесконечный ужас. =)