Только не в /etc/php-fpm.conf а в скрипт запуска /etc/init.d/php5-fpm
upd: Нашел еще один способ указанный здесь
stackoverflow.com/questions/35851049/how-to-set-um... для debian и сервиса php5-fpm:
1. Отредактировать файл /etc/systemd/system/multi-user.target.wants/php5-fpm.service и добавить UMask=0002 в секцию [Service].
2. Выполнить команду systemctl daemon-reload
3. Выполнить команду systemctl restart php5-fpm.service
Теперь файл сервиса выглядит так:
[Unit]
Description = The PHP FastCGI Process Manager
After = network.target
[Service]
Type = notify
PIDFile = /var/run/php5-fpm.pid
ExecStartPre = /usr/lib/php5/php5-fpm-checkconf
ExecStart = /usr/sbin/php5-fpm --nodaemonize --fpm-config /etc/php5/fpm/php-fpm.conf
ExecReload = /bin/kill -USR2 $MAINPID
; Added to set umask for files created by PHP
UMask = 0002
[Install]
WantedBy = multi-user.target
P.S. но способ с /etc/default/php5-fpm мне нравится больше