С одной стороны Андроид более перспективен в плане объема заказов, возможности фрилансить, в плане освоения легче, но надо учитывать, что эта ниша уже очень сильно забита, и реально вылезти в ней не очень легко
С другой стороны, Java EE предполагает меньшие возможности для фриланса или какой-то самостоятельной работы, но зато при устройстве в компанию зарплаты и перспективы будут очень и очень неплохие.