Попробуй через терминал и ещё можно привести файл конфигурации php сделать так:
# Automatically generated for Debian scripts. DO NOT TOUCH!
[client]
host = localhost
user = root
password =
socket = /var/run/mysqld/mysqld.sock
[mysql_upgrade]
host = localhost
user = root
password =
socket = /var/run/mysqld/mysqld.sock
basedir = /usr