1. При старте видео записываем время запуска.
2. При остановке видео - смотрим сколько прошло с момента запуска.
3. Если больше n секунд - отправляем ajax к php скрипту для увеличения значения.
Собственно чисто на js никак само собой.
Разве что индивидуально для каждого пользователя в LocaleStorage/кукисах/подобном ( будет храниться только до очистки кеша ).
Или нужно что-то кардинально другое?
Не понятен вопрос.