Вот не плохая статья.
help.ubuntu.ru/manual/%D1%80%D0%B0%D0%B7%D0%BC%D0%... (по использованию Gparted)
Как писали выше нужно провести дефрагментацию. Я бы еще посоветовал из-под винды до и после изменения размера диска (после дефрагментации) провести проверку на ошибки.