Когда у нас встала немного похожая задача было решено сделать следующее:
Старый сайт выкатить на поддомен old.sitename.com с возможностью переключиться на него и с надписями, что это стара версия, новая по ссылке - на нём оставили удалённые материалы.
Сделали 301 редирект со старых ссылок на новые - для поисковиков и кто пришёл по ссылке, что бы сразу попадал на новую и не думали о старой версии.
Ссылки на удалённые материалы (по всё тому же 301 редиректу) ведут на старую версию сайта old.sitename с надписями, что это архивная модель и неплохо бы уже клиенту обновиться.
Реализовано было просто - все запросы попадали на index.php, поэтому там же был наговнокожен простейший скрипт, который проверял - если ссылка в базе удалённых - редиректим на старую версию, если в базе удалённых и перенесённых нет, то редиректим на новую ссыль. Разумеется геморрой был ещё тот, но всё обошлось, зубы высохли.
