Если я правильно понял вопрос, то тут дело не в mongo / mongoose. Дело в том, что в самом js нет ассоциативных массивов. Есть объекты и они не упорядоченные (вроде в V8 сортируются по алфавиту, но стандарт молчит по этому поводу). Если уже очень надо, то вы можете разбить полученный объект из базы на массив объектов "один ключ - значение" и упорядочить этот массив.