GIMP сводит группы слоёв при открытии psd, так же и сохраняет - группировать не умеет, остаётся только один (первый) уровень слоёв. Использовать его в данном случае чревато проблемами, хотя если файл соответствующий, то не страшно. Решение проблемы не знаю.