Как вариант, можно использовать tomcat-maven-plugin или jetty-maven-plugin. Добавляете его конфигурацию в pom.xml. Дальше в Идее вверху выбираете "Edit Configurations..." и указываете для maven goal запуск вашего сервера (run). Можно в разделе Maven Projects (справа обычно в Идее) выбрать плагин и выбрать нужную задачу (например tomcat7:run). На ней правой кнопкой и появиться возможность сразу создать Run Configuration. Вот скрины:
take.ms/6QZZy
take.ms/8s5vF