Выше верно написали myFunk() вызывается до загрузки скрипта, т.е. функция еще не определена. И вообще в коде много лишних действий. Рабочий код:
index.htm
<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<meta charset="utf-8">
<title>Test</title>
</head>
<body>
<script>
(function loadHtmlParts() {
'use strict';
var xhr = new XMLHttpRequest();
xhr.open('GET', 'common.js', true);
xhr.onload = function() {
if (this.status !== 200) {return}
var script = document.createElement("script");
script.innerHTML = this.responseText;
document.head.appendChild(script);
// и вот здесь вызываем функцию после загрузки и выполнения скрипта
myFunk();
};
xhr.send();
})();
</script>
</body>
</html>
common.js
function myFunk(){
console.log('myFunk has been called!');
}