Ещё можно вот так:
В тексте запроса:
ГДЕ
(НЕ &ОтборПоНоменклатуре ИЛИ Закупки.Номенклатура В (&МассивНоменклатуры))
В установке параметров должно быть:
Запрос.УстановитьПараметр("ОтборПоНоменклатуре", ЗначениеЗаполнено(МассивНоменклатуры));
Запрос.УстановитьПараметр("МассивНоменклатуры", МассивНоменклатуры);