Причину
Mooncake8 описал правильно, чтобы решить ее добавьте инициализацию слайдера после появления попапа.
В вашем случае блок с вызовом попапа надо поправить в такой вид:
$('.popup-btn').magnificPopup({
type: 'inline',
preloader: false,
callbacks: {
open: function() {
//вот тут добавить инициализацию слайдера
}
}
});
