Вам решение не подойдет, но в тему, может кому пригодится:
под винду(только. поэтому не использую сам, иначе бы цены не было) есть citaNotes. отличная вещь, есть теги, бесплатная версия(в ней нет синхронизации, решается друпбоксом или костылем, т.к. все хранит в sqlite)
Дополняю. Нашел для себя Zim. Живет и под виндой и под линем, тегирование работает нормально, вполне приятен. в общем все мои проблемы он решил