Решил вопрос отчасти по данному гайду https://habrahabr.ru/post/317636/, отчасти по сборке коллеги. Используется nginx-proxy пакет с docker-hub, с авто-генерацией темплейтов для хостов. Поднимается новый контейнер с приложением - регистриуется хост.
- сначала git rebase. (https://habrahabr.ru/post/161009/). в JetBrains Ide-шках есть в интерфесе баттн
- если есть конфликты - разрешить. Опять же IDE предоставляет интерфейс для этого
- далее свой код спокойно в репу