1. Можно при загрузке переименовывать файлы, давая файлам названия наподобие d025a9501c8e4c95b614ef0a18796354.txt. Наиболее оптимальный вариант для статики.
2. Можно отдавать пользователям файлы через php скрипт (или что там у вас): что бы запросы к файлам были вида example.com/download.php?file=d025a9501c8e4c95b614ef0a18796354. Обращение к файлам напрямую запрещаете средствами веб сервера.