сорри, я ступил. Установщик перконы некоректно сносит старый мускул, пришлось после удаления еще и делать apt-get autoclean а потом ставить уже перкону. И ставить вышло только в порядке: MySQL стандартный клиент/сервер, SVN, удаление мускула и установка перконы.
спасибо!
