Можно сделать так:
<IfModule vhost_alias_module>
UseCanonicalName Off
<IfModule log_config_module>
LogFormat "%V %h %l %u %t \"%r\" %s %b" vcommon
CustomLog /var/log/apache2/access_log.log vcommon
</IfModule>
<Directory "/home/username/wwwroot">
Options Indexes FollowSymLinks ExecCGI
AllowOverride All
Require all granted
</Directory>
VirtualDocumentRoot /home/username/wwwroot/%0/www
VirtualScriptAlias /home/username/wwwroot/%0/cgi-bin
</IfModule>
и запросы к example.com автоматически пойдут в /home/username/wwwroot/example.com/www. При добавлении новых доменов даже Apache перезапускать не надо, достаточно создать нужные папки.
