На самом деле от конфликтов не избавиться, это краеугольный камень синхронизации.
Можно попробовать SyncMate (как раз продается со скидкой на appiny.ru), можно самому с помощью rsync, а можно через системы конроля версий, но конфликты все равно будут, особенно, если на разных машинах изменять содержимое.
