Самый лучший вариант при настроенном сервисе (desired tasks 1) это пушать имидж присвоив номер версии, например номер билда, и обновлять Task Defintion, тогда ECS сам сделает текущий имидж INACTIVE, параллельно инициализировав второй (плавно выведет старый из сервиса, когда новый станет активным).
Если же предложенный вариант не вариант - так же в пайплайне стопать таску и запускать aws cli.