про пользователя и установку — достаточно выдать права на исполнения пакетного менеджера от рута. более того — достаточно выдать права на исполнения пакетного менеджера с параметром install и только с ним.
про автоматизацию — не углубляясь в подробности — вы не правы. всё можно описать. а файлы править такими утилитами как sed, awk, vi… это лишь самый малый список.
про «тонким слоем» — man 7 hier — выдаст текст про то как в _данной_ системе это «правильно».
в общем вам не книжку надо, а знакомого гуру. который ответит на ваши вопросы. собтвенно приглашаю в Санкт-Петербургскую группу пользователей Linux. Подписывайтесь
на рассылку, задавайте вопросы. Если хотите вживую пообщаться — приходите на собрания (они проходят каждую последнюю среду месяца на ф-те географии университета, 10я линия, 35, белая дверь на первом этаже сразу напротив входной двери).
напрямую отвечая на ваш вопрос я рекомендую такой список литературы:
1. FreeBSD Handbook
www.freebsd.org/doc/en_US.ISO8859-1/books/handbook/ (рус перевод:
www.freebsd.org/doc/ru_RU.KOI8-R/books/handbook/ )
2. Эви Немет «Unix и Linux. Руководство системного администратора».
www.ozon.ru/context/detail/id/7607778/ Если нет денег легко находится по названию
